Karena sebagai Mahtrus (Nahkoda) Shonhaji sangat mungkin memahami ilmu perbintangan dan ilmu falak (Ijtihat), termasuk tidak sulit menentukan arah kiblat. Sesuai perintah Sunan Ampel gurunya, Shonhaji bekerja dengan tekun dan penuh perhitungan jangan sampai letak pengimaman itu tidak menghadap ke arah kiblat.
Tapi konon setelah bangunan masjid itu selesai banyak orang yang meragukannya termasuk gurunya sendiri Sunan Ampel.
“Apa betul letak pengimaman masjid ini menghadap kiblat?” demikian tanya orang yang meragukan pekerjaan Shonhaji. Namun Shonhaji tidak marah atas semua perlakuan orang yang merendahkannya. Shonhaji tidak menjawab melainkan melubangi dinding masjid sebelah barat dengan jarinya sendiri lalu berkata.
“Lihatlah ke dalam lubang ini, kalian akan tahu apakah pengimaman ini sudah menghadap kiblat atau belum ?, “. Lalu orang-orang itu pun segera melihat ke dalam lubang yang dibuat Shonhaji. Subhanallah, ternyata di dalam lubang itu mereka dapat melihat Kakbah yang ada di Kota Mekkah. Orang-orang pun mulai kagum.
