6. Juru Runding mendatangi istana untuk kedua kalinya namun kemudian mereka tetap menolak untuk berunding karena istana tetap menawarkan Menko Polhukkam dan petinggi lainnya, sehingga kemudian Juru Runding kembali kepada barisan aksi.
7. Selanjutnya Pangdam Jaya dan Kapolda Metro Jaya berinisiatif mendatangi mobil barisan aksi kemudian naik ke atas dan memberi salam hormat kepada peserta aksi. Kedatangan mereka untuk menemui Habib Rizieq Syihab dan menawarkan agar Juru Runding bisa diterima oleh Wapres RI. Habib Rizieq Syihab bersedia memenuhi penawaran tersebut dengan jaminan agar Wapres RI bersedia memerintahkan Kapolri untuk menangkap BTP hari itu juga.
8. Kemudian Juru Runding mendatangi istana untuk ketigakalinya. Kali ini Juru Runding diikuti juga oleh KH Misbahul Anam. Juru Runding ditemui Wapres RI dan petinggi lainnya. Perundingan berjalan alot. Hasilnya Wapres RI memberikan jaminan akan memproses hukum BTP secara cepat, tegas dan transparan serta minta waktu selama 2 (dua) minggu untuk merealisasikannya.
9. Juru Runding kembali ke barisan aksi untuk menyampaikan hasil perundingan. Perundingan terakhir ini baru selesai pukul 18.00 wib. Setelah disampaikan, reaksi para peserta aksi tidak bisa menerima hasil tersebut dan bersepakat untuk bermalam di depan Istana Negara.
10. KH Arifin Ilham dengan inisiatif sendiri berusaha bernegosiasi langsung menemui Wapres RI.
11. Kericuhan kecil sebenarnya sudah mulai terjadi sebelum rombongan mobil komando tiba, antara massa yang ‘terprovokasi’ dengan barikade polisi. Agar tidak terjadi bentrok maka Laskar FPI menjadi pagar pembatas antara massa tersebut dengan barikade polisi, tak lama setelah adzan isya berkumandang petugas keamanan secara tiba-tiba melakukan tindakan fisik merangsek dan mendorong untuk membubarkan barisan aksi secara paksa dengan menembakkan gas air mata dan menembakkan peluru karet. KH Arifin Ilham yang masih berada di istana bersaksi bahwa, Wapres RI, Menko Polhukkam, dan Kapolri memberikan reaksi marah atas kecerobohan petugas keamanan tersebut.
12. Berkali-kali Kapolri dan Panglima TNI memerintahkan aparat untuk berhenti menembak massa lewat pengeras suara namun tak digubris oleh pasukan polisi, bahkan pasukan motor polisi berputar-putar di kerumunan massa sehingga ada yang tertabrak dan tergilas.
13. Kejadian tersebut telah memakan 1 korban meninggal dunia atas nama Bapak Syahrie Oemar, 65 thn, warga Curug, Tangerang, Banten. Puluhan korban luka akibat tembakan peluru karet, tertabrak motor polisi dan gas air mata.
14. Barisan Aksi Bela Islam II akhirnya bergerak menginap di pagar luar Gedung MPR/DPR, pada Pk 03.00 dinihari delegasi GNPF diterima oleh Ketua MPR RI, Ketua dan Anggota Komisi 3 DPR, dan Ketua MKD DPR RI, setelah beberapa kali berunding. Keamanan gedung MPR/DPR diambil alih oleh Panglima TNI dan Kapolri yang akan menggusur massa yang menginap di luar pagar Gedung MPR/DPR.
15. Komisi 3 DPR kemudian memberikan jaminan akan menekan pemerintah pusat untuk memenuhi janjinya di depan massa Aksi Damai.
16. Pada pukul 04.05 tanggal 5 Nov 2016 secara resmi GNPF MUI membubarkan Aksi Bela Islam II yang ditutup oleh Ketua GNPF MUI damai yang akan diperjuangkan kepada Presiden Jokowi.