Pada titik ini, Komandan Satuan Tugas Gabungan memerintahkan pasukannya untuk merespons serangan tersebut. Dalam pertempuran sengit, awalnya tercatat bahwa 4 anggota KKB tewas di tempat, sementara anggota lainnya berusaha melarikan diri sambil membawa peralatan militer milik mereka yang tewas.
Setelah pertempuran berakhir, aparat keamanan melanjutkan dengan operasi penyisiran dan menemukan satu anggota KKB lainnya yang tewas. Karena tidak ada warga setempat di Yahukimo yang mengklaim sebagai keluarga mereka, maka Kodim, Polres, bersama dengan Pemerintah Daerah dan masyarakat setempat, bertanggung jawab untuk mengatur pemakaman kelima jenazah tersebut.
Selama penyisiran, sejumlah barang bukti berhasil ditemukan, termasuk satu magazin jenis SS1, satu magazin jenis HK-47 yang dilengkapi dengan empat butir amunisi, satu unit HT, sebilah pisau parang, beberapa aksesoris berupa lambang bintang kejora, serta beberapa barang pribadi milik anggota KKB tersebut.
Pertempuran Mematikan di Yahukimo: Kelompok Yotam Bugiangge, Mantan Prajurit TNI yang Bergabung dengan KKB
Dalam pertempuran yang berawal dari pengamatan pos pada Rabu, 13 September, aparat berhasil menemukan KKB di Sungai Braza. Eskalasi konflik mencapai puncaknya pada Kamis, 14 September, saat KKB melepaskan tembakan senjata api laras panjang dari dua sudut berbeda.
Pertempuran ini mengakibatkan empat anggota KKB tewas di tempat, sementara yang lainnya berusaha melarikan diri. Pencarian berlanjut, dan satu anggota KKB lainnya ditemukan tewas. Selain korban, sejumlah barang bukti seperti senjata, amunisi, dan aksesoris militer berhasil ditemukan.
Masyarakat setempat bersama dengan pihak berwenang bertanggung jawab atas pemakaman kelima jenazah tersebut.
