Rafael diduga menerima gratifikasi ketika menjabat sebagai Kepala Bidang Pemeriksaan, Penyidikan, dan Penagihan Pajak pada Kantor Wilayah Ditjen Pajak Jawa Timur I pada tahun 2011. Gratifikasi tersebut diduga diterima melalui PT Artha Mega Ekadhana (AME).
KPK juga menyebut bahwa beberapa wajib pajak diduga menggunakan PT AME untuk mengatasi permasalahan pajak terkait kewajiban pelaporan pembukuan perpajakan pada negara melalui Ditjen Pajak.
Selama proses penyidikan, KPK juga menjerat Rafael dengan Pasal TPPU dan telah menyita beberapa aset yang diduga hasil dari korupsi. Aset-aset tersebut meliputi dua mobil Toyota Camry dan Land Cruiser, sepeda motor gede Triumph 1.200 cc, rumah di Simprug, Jakarta Selatan, rumah kos di Blok M, dan kontrakan di Meruya, Jakarta Barat.
Komisi Pemberantasan Korupsi Gali Fakta Keterlibatan Rafael Alun dalam Kasus Gratifikasi dan Pencucian Uang
Berdasarkan pemeriksaan yang dilakukan oleh Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK), Rafael Alun Trisambodo, mantan pejabat Ditjen Pajak, menjadi tersangka dalam kasus gratifikasi dan Tindak Pidana Pencucian Uang (TPPU).
Dalam proses penyidikan ini, KPK memeriksa beberapa saksi, termasuk Pimpinan Money Changer Sandi Valas Ahmad Marzuki, Wiraswasta Timothy Pieter Pribadhi, dan Komisaris Utama PT Keluarga Segar Sehat Sjamsuri Liga.
Selain itu, KPK juga telah mengusut adanya konsultasi perpajakan dan pemberian fee kepada Rafael Alun, yang diduga menerima gratifikasi ketika menjabat sebagai Kepala Bidang Pemeriksaan, Penyidikan, dan Penagihan Pajak di Kantor Wilayah Ditjen Pajak Jawa Timur I.
Lebih lanjut, KPK telah menyita sejumlah aset Rafael yang diduga hasil dari korupsi, termasuk mobil-mobil mewah, sepeda motor gede, dan properti di beberapa lokasi.