Ketiga, penumpang commuter line feeder menuju Tanah Abang atau Kampung Bandan yang sebelumnya menggunakan peron jalur 6 dan 7, akan dialihkan ke peron di antara jalur 1 dan 4.
Keempat, penumpang Kereta Bandara Soetta yang sebelumnya menggunakan jalur 9 akan dipindahkan ke jalur 7 dan 8.
Kelima, penumpang KRL tujuan Bogor, Nambo, Jakarta Kota tetap menggunakan peron 9, 10, 11, dan 12 tanpa mengalami perubahan.
Transformasi Alur Penumpang KRL di Stasiun Manggarai: Pengaruh dan Perubahan yang Terjadi