Tersangka RA ditetapkan karena diduga menerima gratifikasi dari beberapa wajib pajak dalam pengondisian berbagai temuan pemeriksaan perpajakan. Selain itu, ia juga diduga memiliki beberapa perusahaan, termasuk PT Artha Mega Ekadhana (AME), yang bergerak dalam jasa konsultasi pembukuan dan perpajakan.
Dalam penyidikan, KPK berhasil menyita aliran uang sebesar 90.000 dolar Amerika Serikat melalui PT AME. Bukti lain yang disita adalah kotak penyimpanan harta berisi uang sekitar Rp32,2 miliar, yang terdiri dari pecahan mata uang dolar AS, dolar Singapura, dan euro.
Atas perbuatannya, tersangka Rafael Alun dijerat dengan Pasal 12B Undang-Undang Nomor 31 Tahun 1999 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi, yang telah diubah dengan Undang-Undang Nomor 20 Tahun 2001. Rafael Alun Trisambodo resmi ditetapkan sebagai tersangka dalam kasus dugaan TPPU pada tanggal 10 Mei 2023.